Фамилия Бабикер — редкий случай, когда основа слова почти наверняка не славянская, а тюркская или арабская. В русском языке она выглядит как искусственно русифицированная или записанная на слух. Скорее всего, в её основе лежит имя Бабикер — вариант арабского Абу Бакр (отец девственницы, одно из имён сподвижника пророка Мухаммеда). В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) это имя могло звучать как Бәбекер или Бабикер, а при попадании в русскую среду к нему добавили суффикс принадлежности.

Суффикс -ер в русских фамилиях не встречается — это тюркский или персидский компонент. А вот окончание -ов или -ев, которое можно было бы ожидать в русской адаптации (Бабикеров), здесь отсутствует. Фамилия застыла в форме, близкой к исходному имени: Бабикер. Это указывает на то, что её носители либо долго жили в среде, где не требовалось русифицировать фамилию (например, в Поволжье или на Кавказе), либо она была записана в документах именно так чиновниками.

Вторая, менее вероятная версия: основа от русского диалектного слова «бабить» (принимать роды) или «бабик» (маленькая баба, женоподобный мужчина). Но суффикс -ер здесь необъясним — он не характерен для русских прозвищ. Поэтому тюркское происхождение убедительнее.

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также у крымских татар. Встречаются единичные носители в Астраханской области и на Северном Кавказе. Сословной привязки нет: Бабикеры могли быть и крестьянами, и духовными лицами, и купцами — имя Абу Бакр уважаемо в исламе, его давали без оглядки на происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Бабикеров, Бабикеев, Бабеков — то Бабикер оказывается самой архаичной формой, без русского суффикса. Она сохранила звучание, близкое к исходному имени, что для фамилий тюркского происхождения редкость: большинство со временем обрастали -ов или -ин.