Фамилия Бабовникова — женская форма фамилии Бабовников, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или профессиональном наименовании. Основа здесь — «бабовник», слово, которое в русских говорах имело несколько значений, и все они бытовые, невысокого социального статуса.

Самое прямое объяснение: бабовником в деревнях называли любителя ухаживать за женщинами, волокиту, бабника. Прозвище давалось не как комплимент, а скорее с насмешкой или осуждением — за слишком заметное внимание к противоположному полу. Такие прозвища были распространены в крестьянской среде, где ценились труд и серьёзность, а легкомысленное поведение высмеивали. Фамилии от них образовывали редко, но если уж закреплялись, то за семьёй человека, получившего такое прозвище.

Другая версия, менее известная, но вполне реальная: в некоторых регионах «бабовником» называли растение — например, таволгу или лабазник (в народе — бабовник, бабун). Прозвище мог получить травник, знахарь, который собирал и продавал такие травы, или просто человек, живший рядом с местом, где росло много бабовника. В этом случае фамилия связана не с характером, а с ремеслом или местностью.

Суффикс -ов-/-ев- в фамилии Бабовников указывает на типичную модель образования русских фамилий от прозвищ или названий занятий: «чей?» — Бабовников, то есть сын или потомок Бабовника. Форма Бабовникова — это вариант для женщины, принадлежащей к этому роду. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, и в дореволюционных источниках встречается в основном в центральных и южных губерниях России, хотя точная география узкая.

Интересная деталь: фамилия Бабовников (и Бабовникова) стоит в ряду редких «характерологических» фамилий — таких, как Женолюбов, Волокита, Девкин. Но в отличие от них, у неё есть и «растительная» версия, что делает её неоднозначной. Если предок был знахарем — фамилия нейтральная; если повесой — то с оттенком народной иронии.