Фамилия Бобовниковы (в документах чаще встречается форма мужского рода — Бобовников) образована от прозвища Бобовник. В её основе лежит слово «боб» — любое зернышко стручковых растений вроде фасоли или гороха. Суффикс -ник в русских прозвищах почти всегда указывает на род занятий: Бобовником могли назвать человека, который выращивал или продавал бобы.

Есть и другая версия. Бобовником называют низкий кустарник из семейства розовых, характерный для степной полосы России и Южной Сибири. В Саратовской губернии из его зерен в старину делали молоко и пили с чаем. Если прозвище пошло от растения, то его мог получить человек, живший в местах, где бобовник рос в изобилии, или собиравший его.

Фамилия Бобовников — классический пример отчества-притяжательности: «чей сын?» — Бобовников, то есть сын Бобовника. Такая модель (основа прозвища + суффикс -ов/-ев) была самой распространённой в центральной и северной России. Точное место и время возникновения фамилии установить сложно — процесс формирования русских фамилий занял несколько столетий, но ясно, что прозвище, лёгшее в основу, возникло в крестьянской или посадской среде, где людей называли по хозяйственному укладу и окружающей природе.