Фамилия Бобовникова — женская форма фамилии Бобовников, и её происхождение напрямую связано с растением, которое в русских говорах называли «бобовник». В отличие от более распространённых «растительных» фамилий вроде Боброва или Горохова, здесь корень указывает не на плод или животное, а на конкретный кустарник или траву. Бобовником в разных регионах могли называть дикий миндаль, ракитник, дрок или даже определённый вид клевера — ботанической строгости в народной номенклатуре не было.

Словообразовательная модель проста: основа «бобовник» плюс патронимический суффикс -ов, который в русской традиции закрепил фамилию за потомками человека по прозвищу или имени Бобовник. Ударение в фамилии плавающее: в большинстве случаев падает на второй слог (Бобо́вникова), но в некоторых говорах — на первый (Бо́бовникова), что связано с диалектным произношением самого слова.

Кем был предок-Бобовник? Самая прямая версия — человек, живший рядом с зарослями этого кустарника или занимавшийся его сбором. Однако в ономастике есть и другая, более бытовая гипотеза: в некоторых русских говорах «бобовником» иронично называли того, кто постоянно ел бобы или горох, то есть бедняка, чей рацион состоял из дешёвых бобовых. Фамилия могла закрепиться за крестьянином, получившим такое прозвище за скудное питание, и со временем потеряла уничижительный оттенок.

Географически фамилия Бобовниковых (и, соответственно, Бобовниковых) тяготеет к центральным и южным областям России — Курской, Воронежской, Тамбовской губерниям, где бобовник как растение был широко распространён в оврагах и на опушках. Встречается она и в Поволжье, но значительно реже. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется: её носители почти наверняка были крестьянами или мещанами, а суффикс -ов указывает на относительно позднее оформление, в XVII–XVIII веках, когда фамилии начали массово давать по прозвищам.

Интересно, что фамилия Бобовникова не имеет однозначного «двойника» среди фамилий на -ский (вроде Бобовниковского), что говорит о её народном, нецерковном происхождении. Если сравнить её с однокоренной фамилией Бобов, то Бобовников образован от более сложного, описательного прозвища, а не от простого названия плода.