Фамилия Бадыштова — женская форма, а её носительницы по мужской линии носят фамилию Бадыштов. В основе лежит слово, которое в русском языке почти не встречается, но хорошо известно в тюркских языках: бадыш, бадышты. Это один из тюркских вариантов персидского слова «бахши» — писец, переписчик, а в более широком смысле — учитель, наставник, сказитель. В Средней Азии бахши́ были хранителями устного эпоса, а в Поволжье и Приуралье так называли грамотных людей, писарей при мечетях или сельских управах.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который присоединили к тюркской основе. Это типичный случай для фамилий, возникших в среде татар, башкир, чувашей и других народов, живших в контакте с русскими в XVI–XIX веках. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Бадышта» или «из рода Бадышта». Встречается и вариант написания Бадышов — без «т» в основе, но форма Бадыштов закрепилась, видимо, из-за местного произношения, где слово бадышты (с конечным -ты) воспринималось как исходное.

Географически фамилия редкая и локализована преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. В дореволюционных метрических книгах её носители — чаще всего государственные крестьяне или тептяри (сословие, близкое к башкирам и татарам, платившее особый налог). Владелец такой фамилии мог быть сыном сельского писаря или муллы, который одновременно служил и переписчиком бумаг. Прозвище Бадыш не давали случайно: оно подразумевало грамотность и уважение в общине.

В отличие от многих фамилий на -ов, которые образованы от календарных имён (Иванов, Петров), Бадыштов отсылает к профессии, а не к имени святого. Это сближает её с фамилиями вроде Писарев или Дьяков, но с восточным колоритом. Альтернативная версия, возводящая фамилию к искажённому имени Батыр (богатырь), маловероятна: фонетический переход «тыр» в «дыш» нехарактерен для тюркских языков, а письменные источники фиксируют именно бадыш в значении «писец».