Фамилия Багдерины — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а географическое прозвище, причём с нетипичным для русских фамилий суффиксом. Встречается она крайне редко, и её носители, скорее всего, связаны с одной конкретной местностью.

Разберём словообразование. Окончание -ы указывает на множественное число и типично для фамилий, которые закрепились за целым родом или семьёй в определённом селе: Багдерины — «чьи?» — «люди из семьи Багдерина». А вот сам корень «Багдерин» образован с помощью суффикса -ин, который в русских фамилиях обычно присоединяют к основам на -а, -я (Иван — Иванов, но Кузьма — Кузьмин). Здесь же основа — «Багдер», что сразу наводит на мысль о заимствованном или диалектном слове.

Наиболее вероятная версия — связь с тюркским или монгольским словом «багатур» (батыр, богатырь). В русских говорах и документах XVI–XVII веков фиксировались формы «багатырь», «богатырь», но также и «багадырь», «багадер». Прозвище Багадер (или Багдер) могли дать сильному, воинственному человеку. Суффикс -ин в таком случае работает нестандартно: фамилия Багдерин могла возникнуть от прозвища Багдера (форма женского рода или ласкательная), либо в результате переосмысления чужого имени. Например, у калмыков или башкир было личное имя Багадер, и при переходе в русскую среду его оформили по модели «чей?» — Багдерин.

Другая, менее вероятная версия — происхождение от названия населённого пункта. В Поволжье и Приуралье встречаются топонимы с корнем «багд» (например, Багдарин в Бурятии), но для фамилии Багдерины такая связь сомнительна: обычно от названий сёл образуются фамилии на -ский, а не на -ин.

Скорее всего, предки современных Багдериных жили в районах активных русско-тюркских контактов — на юге России, в Поволжье или на Урале. Прозвище Багадер (Багдер) могло закрепиться за одним человеком, а его потомков в деревне стали называть Багдериными, то есть «дети и внуки Багдера». Фамилия не получила широкого распространения, поэтому, вероятно, все её носители — потомки одной семьи или выходцы из одного села.