Фамилия Багомаева — редкий случай, когда географический и языковой контекст важнее, чем разбор по стандартной русской модели. Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию, но основа фамилии явно не славянская и не тюркская в привычном понимании. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от имени или прозвища, бытовавшего у народов Северного Кавказа, в первую очередь — у осетин или ингушей.

В осетинском языке есть имя Багом (Багъом), которое может восходить к слову «багъ» — «сад» или к древнему родовому имени. Суффикс -аев (в русской передаче -аев) типичен для осетинских и ингушских фамилий: он образует отчество или указание на принадлежность к роду. Таким образом, Багомаева — это «дочь (или жена) из рода Багомовых». Женская форма фамилии (на -а) в русском языке закрепилась как неизменяемая, но по происхождению она мужская: Багомаев — Багомаева.

Мужская версия фамилии — Багомаев — встречается в Северной Осетии и Ингушетии, реже — в Чечне. Первые письменные фиксации, скорее всего, относятся к концу XIX — началу XX века, когда у горских народов начали массово записывать фамилии по русскому образцу. До этого люди пользовались родовыми именами без закреплённого суффикса.

Вторая, менее вероятная версия — связь с арабским именем Багаутдин (вариант Бахауддин — «красота веры»). В таком случае фамилия могла пройти через тюркское посредничество и сокращение: Багаутдин → Багом → Багомаев. Но для этой гипотезы мало прямых параллелей: переход от «дин» к «ма» нехарактерен, и фамилия Багаутдинов встречается гораздо чаще.

Словообразовательно фамилия проста: корень Багом- + фамильный суффикс -ев (женский вариант -а). Ударение, судя по ингушским и осетинским аналогам, падает на последний слог: Багома́ева. Носительницы этой фамилии, как правило, могут проследить свои корни до конкретного горного аула или села, где род Багомовых был известен с XIX века.