Фамилия Багоновец — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, она заканчивается на -ец. Это сразу указывает на то, что в основе, скорее всего, лежит географическое название: такую модель использовали для обозначения выходца из определённого места. Багоновец — это «тот, кто родом из Багонова». Гипотетическое селение или хутор с названием Багоново (или Багон) могло существовать на западе России, в Беларуси или на Украине, где суффикс -ец в фамилиях встречается чаще, чем в северных областях.

Корень «багон» — тёмный и спорный. Самая правдоподобная версия связывает его с диалектным словом «багон» — так в некоторых говорах называли багульник, болотный кустарник. В этом случае прозвище Багон мог получить либо человек, живший у болота, заросшего багульником, либо тот, кто торговал этим растением или использовал его в знахарстве. Менее вероятна, но допустима связь с польским или белорусским «багно» — «грязь, топь, болото». Тогда Багоновец — это «житель болотистой местности», что тоже логично для фамилии, привязанной к ландшафту.

Словообразовательная модель проста: сначала появилось прозвище Багон (по месту жительства или роду занятий), от него образовалось название поселения Багоново (чей? — Багонов), а уже от названия села — фамилия Багоновец («переселенец из Багонова»). Такая цепочка типична для фамилий-топонимиков. В польской ономастике встречается фамилия Bagon, а также Bagoniowski, что подтверждает западнославянский след. В России носители фамилии Багоновец рассеяны, но чаще встречаются в Брянской и Смоленской областях — как раз на границе с Беларусью, где такая модель фамилий обычна.

Сословная принадлежность предков неясна: фамилия могла принадлежать как крестьянам, переселившимся из одного поместья в другое, так и мещанам. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что делает её ещё более ценной для семейной истории — каждый носитель может быть первым, кто восстановит свою родословную.