Фамилия Баибурдов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а, скорее всего, прозвище, образованное от тюркского словосочетания. Разбираем её по частям. Первая часть «бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин». Вторая часть «бурд» или «бурт» может восходить к слову «бур» — «мел», либо к «бурдык» — «мутный напиток», «муть». Есть и другая версия: «бурд» — искажённое «борт» (как в «бортничество», то есть лесное пчеловодство). Таким образом, прозвище Баибурд могло означать «богатый мелом» (владелец меловых карьеров) или, что менее вероятно, «богатый мутным напитком» (например, хозяин пивоварни). В среде татар, башкир и других тюркских народов такие составные прозвища были обычны — они давали ёмкую характеристику человеку.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилий от отчества или прозвища: Баибурдов — сын (или потомок) Баибурда. Это типичная «притяжательная» форма, которая закрепилась за носителями в XIX веке, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по отцу или деду.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где издавна соседствовали русское и тюркское население: Поволжье, Приуралье, юг Сибири. Встречается она и у русских, и у татар, и у башкир — граница здесь размыта, потому что прозвище было межэтническим. В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении: скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше середины XIX века.

Если сопоставлять с однокоренными вариантами, то «Баибулатов» (богатый булат — сталь) встречается чаще и понятнее, а «Баибурдов» стоит особняком из-за неочевидного второго корня. Возможно, первоначальное прозвище звучало как «Байбурт» (от названия города Байбурт в Турции?), но по-русски переосмыслилось в «Баибурд» с привычным суффиксом. Однозначной этимологии нет, но тюркское происхождение сомнений не вызывает.