Фамилия Бакаидова — женская форма фамилии Бакаидов. Её основа неочевидна на первый взгляд, и здесь возможны два основных пути происхождения, один из которых значительно правдоподобнее другого.

Первая и наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках слово «бака» (или «бакай») имеет значение «лягушка». Однако прозвище вряд ли давали за внешнее сходство — скорее, за особенность поведения или профессию. В кочевых и полукочевых культурах «лягушка» могла быть символом болотистой местности, и прозвище Бакай могли дать человеку, жившему у воды, занимавшшемуся рыболовством или разведением водоплавающей птицы. Суффикс -ов/-ев в фамилии указывает на принадлежность: Бакаидов — сын Бакая, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Вторая версия, менее убедительная, выводит фамилию от арабского имени Бака (или Бакаи), что означает «вечный», «бессмертный». Но в таком случае фамилия скорее имела бы форму Бакаев или Бакаевский, а не Бакаидов. Форма с -ид- в середине (Бака-ид-ов) — редкая и указывает на возможное заимствование через осетинский или кавказский языки, где суффикс -ид- может обозначать принадлежность к роду или месту.

География фамилии подсказывает, что её носители чаще всего встречаются на Северном Кавказе (особенно в Осетии и Дагестане), а также среди тюркоязычных народов Поволжья. Это подтверждает тюркскую версию происхождения, так как именно в этих регионах прозвища, связанные с природными объектами и животными, были широко распространены.

Таким образом, предок носителей фамилии Бакаидов, скорее всего, был человеком, получившим прозвище Бакай за связь с водой или болотистой местностью, а его потомки стали Бакаидовыми — «из рода Бакая».