Фамилия Баксаидова — женская форма фамилии Баксаидов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Баксаид. Разбор фамилии необычен тем, что её основа явно тюркского происхождения, а суффикс -ов — русский, что указывает на сложные этнические контакты в Поволжье, на Северном Кавказе или в Приуралье, где русские фамилии нередко давали осевшим тюркским родам.

Корень «бакса» восходит к тюркскому слову «бакса» или «бакша» — «смотритель», «надзиратель», «хозяин», а в некоторых диалектах — «писатель» или «счетовод». Вторая часть «-ид» может быть как арабским суффиксом принадлежности, так и искажением тюркского «ит» (собака) или «ид» (посланный). Однако самая правдоподобная версия — что Баксаид — это вариант имени Бакшид (от «бакши» — «дар» или «учитель»), распространённого у тюркских народов, принявших ислам. В таком случае фамилия означает «потомок Бакшида» или «принадлежащий Бакшиду».

В русском ономастиконе фамилия Баксаидов встречается редко, в основном у народов Дагестана (кумыки, ногайцы) и у татар. Суффикс -ов, а не -ев, говорит о том, что основа оканчивалась на твёрдый согласный, что типично для тюркских заимствований. Если бы фамилия была образована от имени на мягкий согласный или на -й, мы бы видели Баксаидьев, но этого не произошло.

Сословно предки Баксаидовых, скорее всего, принадлежали к служилым татарам или к казачьим семьям, которые несли сторожевую службу на южных границах. Прозвище Баксаид могло закрепиться за человеком грамотным — писарем или сборщиком податей, что для XVI–XVII веков было делом нечастым и заметным. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, но её редкость — сама по себе ценность: она указывает на узкую родовую ветвь, не растворившуюся в массе однофамильцев.