Фамилия Бакаржи — редкая и нетипичная для русской ономастики. Её происхождение, скорее всего, не славянское, а южное или восточное. В основе лежит корень «бакар» или «бакарь», который в тюркских языках (например, в татарском, башкирском, карачаево-балкарском) означает «медь» или «медный». В таком случае прозвище Бакаржи могло указывать на ремесло: медника, лудильщика или торговца медной посудой. В тюркских языках суффикс «-джи» (или «-чи») обозначает человека по профессии — «медник» буквально и есть «бакар-джи».

Однако есть и другая версия, связанная с греческим влиянием. В понтийском (причерноморском) диалекте греческого языка слово «бака́р» или «бака́рис» означало «торговец», «лавочник». Суффикс «-жи» (от тюркского «-джи») в этой среде — типичный показатель профессии. Таким образом, Бакаржи могло быть прозвищем греческого торговца из Приазовья или Крыма, которое закрепилось как фамилия. Эта версия правдоподобнее, если учесть, что фамилия встречается в среде греков Мариуполя и румынских гагаузов.

Словообразовательная модель для русского уха необычна: в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что фамилия не прошла русификацию и сохранила исходную тюркскую или греческую форму. В документах XIX века такие фамилии могли записывать как Бакаржи, Бакарджи или Бакаржиев — последний вариант уже с русским суффиксом.

Встречается Бакаржи в основном на юге России, в Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Молдове и на Украине. Носители этой фамилии, скорее всего, потомки ремесленников или мелких торговцев, переселившихся в Российскую империю из Османской империи или греческих колоний. Точных данных о дворянском происхождении нет — фамилия явно не аристократическая, а профессиональная или сословная.