Фамилия Бахонькина — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неочевидная основа. Вопреки первому впечатлению, её корень не связан ни с «батоном», ни с выпечкой. Главная версия отсылает к диалектному слову «бахо́нка» — так в некоторых русских говорах называли хвастливого, заносчивого человека или пустомелю. Прозвище Бахоня или Бахонька получал тот, кто любил прихвастнуть, рассказать небылицу, «напустить туману». От этого прозвища через притяжательный суффикс -ин и образовалась фамилия: Бахонька → Бахонькин → Бахонькина.

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Бахоньки». Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Менее вероятная, но всё же возможная версия связывает фамилию с украинским или белорусским словом «бахон» — так в некоторых регионах называли большой каравай хлеба. В этом случае прозвище мог получить пекарь или хлебосольный человек. Однако для русского севера и центра, где фамилия встречается чаще, «бахонка»-хвастун — более убедительное объяснение.

Географически фамилия Бахонькина (и мужская форма Бахонькин) редкая, встречается преимущественно в центральных областях России, изредка — в Поволжье. Это не дворянская и не купеческая фамилия; её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды. Прозвище давали по заметной черте характера — ирония судьбы в том, что сегодня оно звучит скорее загадочно, чем насмешливо.

В написании фамилии важно не путать с «Бахонкина»: мягкий знак перед суффиксом сохраняется, так как он был в исходном прозвище (Бахонька). Это отличает её от более простых форм вроде Бахонов или Бахонин.