Фамилия Бахонько — типичный пример восточнославянской фамилии с украинским суффиксом -ко. В белорусской и украинской традиции этот суффикс выполнял роль уменьшительности или указывал на родство: Бахонько — это «маленький Бахонь» или «сын Бахони». Само прозвище Бахонь, от которого всё пошло, имеет несколько версий происхождения.

Самая прямая версия — от слова «бохон», то есть «каравай хлеба, коврига». Если предок был пекарем или булочником, его могли прозвать по товару, который он пёк. В тех же говорах «бохоном» называли полного, тучного человека — так прозвище могло закрепиться по внешности.

Совсем другая версия тянется от украинского глагола «бахати» — «создавать громкие короткие звуки», «сильно стучать», а также «пить водку, вино». В этом случае Бахонем могли прозвать громкоголосого человека, плотника или дровосека, работа которого сопровождалась стуком, либо просто любителя крепких напитков.

Есть и третья, менее вероятная гипотеза — из узбекского «бахона» (предлог, отговорка, причина). Тогда прозвище Бахонь получил бы человек, который всегда находил повод увильнуть от нелюбимого дела. Однако для украинской и белорусской среды это скорее случайное созвучие, чем реальный путь образования фамилии.

Обратите внимание на чередование в корне: исходное «бохон» превратилось в «Бахонь». Это диалектное аканье (о → а) или влияние южных говоров. Фамилия Бахонько встречается в основном на западе Украины и в южных регионах Беларуси — именно там суффикс -ко особенно распространён. В России её носителей мало, и чаще всего это потомки переселенцев с Украины.