Фамилия Бахонский — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Главное, что бросается в глаза: суффикс -ский, который в русских фамилиях указывает либо на происхождение от географического названия (сел, городов, рек), либо на польско-шляхетское влияние. Для Бахонского первое выглядит намного правдоподобнее.

Искать корень стоит в топонимах. На карте бывшей Российской империи и соседних земель есть несколько пунктов с похожим звучанием: село Бахоны в Смоленской области, деревня Бахонка в Тверской, а также ряд мест с основой «Бахонь» в Беларуси и на Украине. Если предки носителя фамилии жили в такой местности, то прозвище «бахонский» означало «выходец из Бахон» или «тот, кто владел землей в Бахонах». В крестьянской среде так обычно закрепляли за человеком название его родной деревни, а после отмены крепостного права, когда крестьянам массово давали фамилии, это могло стать официальной фамилией целой семьи.

Менее вероятная, но возможная версия — от слова «бахон» в значении «хлеб» или «каравай». В некоторых южнорусских и украинских говорах «бахон» — это круглый пшеничный хлеб. Тогда Бахонский мог образоваться от прозвища Бахон — пекаря, торговца хлебом или просто любителя поесть. Однако для прозвищного происхождения типичнее суффиксы -ов или -ин (Бахонов, Бахонин), а -ский чаще закреплялся за «географическими» фамилиями. Поэтому версия с топонимом надежнее.

Любопытная деталь: в польской ономастике фамилия Bachoński встречается и может быть связана с названием населенного пункта Bachonie или Bachon (в современной Польше есть деревня Бахонь в Лодзинском воеводстве). Учитывая, что суффикс -ский в русских фамилиях часто появлялся под польским влиянием (через Речь Посполитую), нельзя исключать, что Бахонские — это потомки шляхтича или переселенца с запада, который осел в русских землях и сохранил фамилию по месту прежнего проживания.

Сословный состав фамилии сложно определить без генеалогического поиска: в метрических книгах XIX века Бахонские встречаются и среди мещан, и среди крестьян, и изредка среди духовенства. В любом случае, фамилия редкая, и ее носители, скорее всего, имеют общих предков из одного небольшого региона — возможно, из той самой Смоленской или Тверской губернии.