Фамилия Бахонин — типичный пример отчества, образованного от прозвища с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Бахони). Раз прозвищная основа Бахоня заканчивалась на -я, русская модель фамилии закономерно дала Бахонин, а не Бахонов.

Самая прямая версия связывает прозвище Бахоня с диалектным словом «бохон» — каравай хлеба, коврига. В этом случае предок был пекарем или булочником, человеком, чья профессия вращалась вокруг хлеба. В некоторых говорах «бохоном» называли и полного, тучного человека — тогда прозвище отражало внешность. Оба значения легко могли сосуществовать: пекарь часто был и человеком плотного телосложения.

Есть и версия, уводящая в другую сторону — к украинскому «бахати» (создавать громкие звуки, сильно стучать, а также пить водку). Тогда Бахоней могли прозвать либо громкоголосого крикуна, либо плотника или дровосека, чья работа была шумной. Третье значение того же глагола — «пить, гулять» — допускает, что прозвище дали любителю крепких напитков, человеку, который предпочитал жить на широкую ногу.

Менее вероятна, но всё же существует гипотеза о связи с узбекским «бахона» — повод, отговорка, причина. Если принять эту версию, Бахоней могли назвать человека, который всегда находил предлоги, чтобы уклониться от неугодного дела. Однако это объяснение требует допущения о прямом заимствовании из тюркских языков в русское прозвище, что для фамилий центральной России встречается реже, чем исконно славянские корни.

Самая надёжная опора — первая версия, с хлебом и пекарским делом: она проще и естественнее ложится на русскую языковую почву. В любом случае фамилия Бахонин недвусмысленно говорит о том, что её первый носитель был человеком с яркой бытовой характеристикой — либо по ремеслу, либо по нраву, либо по внешности.