Фамилия Бахонец — редкий пример, где прозвище, лёгшее в основу, не столько описывает человека, сколько называет предмет или действие, с ним связанное. Самая вероятная версия — от слова «бахон» или «баханка» в значении «буханка хлеба». В юго-западных говорах (украинских, белорусских) «бахон» — это каравай или крупный хлеб. Тогда Бахонец — человек, пекущий хлеб, либо торговец им, либо просто любитель поесть. Суффикс -ец типичен для прозвищ, превращённых в фамилии: он указывает на носителя признака (ср. «купец» от «купить», «хлебец» от «хлеб»).

Менее распространённая, но возможная версия — от глагола «бахать» (громко бить, ударять). В этом случае Бахонец — прозвище шумного, резкого человека, возможно, барабанщика или кузнеца. Однако слово «бахон» в значении «удар» фиксируется реже, чем хлебное название, поэтому первая гипотеза надёжнее.

Фамилия недворянская, крестьянского или мещанского происхождения. Географически она тяготеет к западу России и востоку Украины: встречалась в Черниговской, Полтавской, Курской губерниях. Суффикс -ец, а не более распространённые -ов или -ин, указывает на то, что фамилия оформилась раньше, чем массово закрепились патронимические модели, — то есть её носители были прозваны по занятию или черте, а не по отцу.

В современном русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода: Бахонец, Бахонца, Бахонцу и так далее. Женский вариант не склоняется (Мария Бахонец). По данным открытых источников, носителей немного — это редкая фамилия, не попавшая в массовые справочники, что делает её особенно ценной для семейной истории.