Фамилия Бухонько — характерный пример украинской модели фамилий на -ко, которая в XVI–XVII веках была распространена на территории Речи Посполитой, особенно среди казачества и мещан. Суффикс -ко в этой модели выполнял уменьшительную или патронимическую функцию: он указывал на «сына» или «потомка» человека, носившего исходное прозвище. То есть Бухонько — это буквально «сын Бухоня» или «маленький Бухонь».

Само прозвище Бухонь, от которого образована фамилия, имеет как минимум две версии происхождения. Первая связывает его с украинским глаголом «бухати» — издавать глухие, низкие звуки, а также «бить» или «стрелять». В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком с громким, «бухающим» голосом или, наоборот, за охотником или воином — тем, кто часто стрелял. Вторая версия отталкивается от слова «буханка» (формовой хлеб, обычно чёрный). Тогда прозвище Бухонь мог получить пекарь или булочник — человек, чья профессия была связана с выпечкой хлеба. Обе гипотезы равноправны, и выбрать одну без дополнительных исторических записей о конкретном носителе невозможно.

Любопытно, что фамилия Бухонько встречается в основном на западе и в центре Украины — в Волынской, Ровенской, Хмельницкой и Черкасской областях. Это косвенно подтверждает её украинское происхождение и бытование в среде сельского населения и казачества. В русских переписях фамилия редка, что тоже говорит о её региональной привязке.

Прозвище Бухонь, как и многие подобные, со временем вытеснило исходное крестильное имя и закрепилось в документах. В официальных записях XVII–XVIII веков (реестрах Войска Запорожского, метрических книгах) такая модель — прозвище + -ко — была обычной для фиксации личности без отчества в современном понимании. Таким образом, носитель фамилии Бухонько мог быть потомком человека, которого в округе знали как Бухоня — либо за манеру говорить, либо за ремесло, либо за любовь к стрельбе.