Фамилия Бакиев ведет свое начало от арабского слова baki («баки»), которое употребляется мусульманами как эпитет Аллаха. В переводе на русский язык оно означает «вечный; живущий вечно». Позже это слово стало использоваться в качестве личного мужского имени. Фамилия Бакиев образована от имени Баки. Оно в переводе с арабского языка на русский означает «вечный, вечно живущий». Слово «баки» также употребляется мусульманами как эпитет Аллаха. Таким образом, потомок человека, которого звали Баки, со временем получил фамилию Бакиев. Корень -огло/-оглу/-оглы (в переводе с тюркского «потомок, сын») типичен для турецких, гагаузских и прочих тюркских фамилий. Так, в Книге памяти Республики Киргизия упоминаются Абдакадыр Бакиев, родившийся в 1883 году в Нарынском районе, Аджи-Ахун Бакиев, родившийся в 1898 году в Китае, Азимджан Бакие, родившийся в 1914 году в Токмаке.