Фамилия Бакиева образована от мужского имени Баки, которое, в свою очередь, восходит к арабскому слову «баки» (baki). В мусульманской традиции это слово — один из эпитетов Аллаха, означающий «вечный», «живущий вечно». Со временем эпитет перешел в разряд личных имен, популярных у народов, исповедующих ислам: у татар, башкир, чеченцев, народов Кавказа и Средней Азии.

По своей словообразовательной модели фамилия Бакиева — это типичная русская патронимическая форма, закрепленная через суффикс -ев. Суффикс указывает на принадлежность: Бакиева — «дочь (или жена) Бакия». Мужской вариант — Бакиев. Такая модель (основа на -ий/-ия плюс -ев) характерна для фамилий, образованных от имен на мягкий согласный или на -ий: ср. Алиев, Кариев, Сафиев.

В русской ономастике фамилии с суффиксом -ев обычно принадлежали к разным сословиям — от крестьян до служилых людей, но точное социальное происхождение конкретного рода Бакиевых можно установить только через генеалогические разыскания. Процесс формирования фамилий у тюркских и кавказских народов, вошедших в состав Российской империи, был длительным и неоднородным: где-то фамилии фиксировались уже в XVIII веке, а где-то — только в конце XIX.

Любопытная деталь: в некоторых диалектах тюркских языков слово «баки» имело и бытовое значение — «смотритель», «хранитель», «надзиратель» (от глагола «бакмак» — смотреть, беречь). Это могло дать прозвище, которое позже также перешло в фамилию. Таким образом, не исключено, что предок Бакиевых был не просто носителем «вечного» имени, а человеком, выполнявшим функции сторожа или смотрителя. Однако основная и наиболее распространенная версия остается арабской, связанной с религиозным эпитетом.

Географически фамилия Бакиева встречается в Татарстане, Башкортостане, в республиках Северного Кавказа (особенно в Чечне и Ингушетии), а также в Средней Азии. В разных регионах ударение может падать на второй слог (Баки́ева) или на первый (Ба́киева) — это зависит от местных языковых норм.