Фамилия Бакыева образована от мужского имени Бакый, которое восходит к арабскому «баки» — «вечный», «бессмертный». Это одно из имён-эпитетов, в мусульманской традиции относящихся к атрибутам Аллаха (аль-Баки — Вечный). Поэтому исходное имя Бакый, скорее всего, давалось с пожеланием долгой жизни или как религиозно-значимое, подчёркивающее божественное качество. Встречаются варианты написания через «а» — Бакиев, что ближе к арабской транскрипции, и через «ы» — Бакыев, что характерно для тюркских языков, где звук «ы» передаёт твёрдый гласный.

В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ев/-ов указывает на принадлежность («чей сын?»), здесь он выполняет ту же самую патронимическую функцию, но присоединён к тюркскому или арабо-тюркскому имени. То есть Бакыев — буквально «сын Бакыя». Форма Бакыева — женская, по той же модели.

Географически фамилия чаще всего встречается у народов Поволжья и Приуралья: у татар, башкир, а также у представителей кавказских народов, например, у балкарцев и карачаевцев, где имя Бакый также распространено. В русском контексте она редка и почти всегда указывает на тюркские или исламские корни предков. Интересная деталь: в некоторых тюркских языках слово «бакы» имеет и другое значение — «взгляд», «смотрение», но для фамилии основным источником остаётся именно личное имя, а не прозвище по действию.