В основе фамилии Бакиханов лежит мусульманское личное имя. Фамилия Бакиханов образована от имени Бакихан, которое, как и большинство восточных имен, состоит из двух частей: Баки и Хан. Первая из них ведет свое начало от арабского слова baki («баки»), которое употребляется мусульманами как эпитет Аллаха. На русский язык оно переводится как «вечный; живущий вечно». Позже это слово стало использоваться в качестве личного мужского имени. Вторая часть имени восходит к нарицательным «хаган, хакан, каган», что в переводе с тюркского языка означает «властитель, монарх». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана). Таким образом, нарекая своего ребенка таким именем, родители желали ему стать высокопоставленным, уважаемым, обеспеченным человеком. Кроме того, они хотели, чтобы их сын прожил долгую счастливую жизнь. Таким образом, потомок человека, которого звали Бакихан, со временем получил фамилию Бакиханов. Безусловно, фамилия Бакиханов представляет собой замечательный памятник исламской культуры. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Бакиханов можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований.