Фамилия Бакленева — женская форма от Бакленев, и её разбор начинается с неочевидного, но показательного суффикса -ев. В русских фамилиях этот суффикс обычно присоединяли к основам на мягкий согласный или на -й (например, Андреев от Андрей). Здесь же основа «Баклен» оканчивается на твёрдый «н», и по правилам должна была бы дать фамилию Бакленов. Исключение — если исходное прозвище или имя звучало как Баклень, то есть с мягким знаком на конце, но это маловероятно для старых русских говоров. Скорее всего, перед нами влияние церковнославянской или южнорусской традиции произношения, где твёрдый согласный перед суффиксом смягчали, или же просто орфографическая случайность, закрепившаяся в документах.

Корень «баклен-» — тёмный, не связанный с общеупотребительными русскими словами. Самая правдоподобная версия ведёт к диалектному «баклан»: так на юге России и в Поволжье называли не только морскую птицу, но и рослого, неуклюжего человека, а в некоторых говорах — болтуна или пустомелю. Суффикс -ен- мог указывать на уменьшительно-пренебрежительную форму: Бакленя — «маленький баклан» или «сын баклана». То есть прозвище Бакленя давали либо подростку, который уже выделялся ростом или поведением, либо человеку, чей отец носил прозвище Баклан. Фамилии на -ев, образованные от таких уменьшительных имён, в XVI–XVII веках были типичны для крестьян и посадских людей.

Вторая версия, более редкая, — от тюркского имени или прозвища Баклен, которое могло попасть в русскую среду через татарских или башкирских переселенцев. В тюркских языках есть корень «бак» — «смотреть, глядеть», и «баклан» могло означать «наблюдатель» или «сторож». Однако следов такого имени в русских писцовых книгах почти нет, поэтому эта гипотеза уступает первой по весу.

Географически фамилия Бакленев/Бакленева встречается в основном в центральных и южных областях России — в Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерниях. В этих краях слово «баклан» в значении «высокий, видный человек» было в ходу, что косвенно подтверждает прозвищное происхождение. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её крестьянских или мещанских корнях: предки нынешних Бакленевых, скорее всего, были вольными хлебопашцами или однодворцами.

Таким образом, фамилия Бакленева — это память о прозвище, данном за внешность или характер. Она не несёт в себе ни географического названия, ни церковного имени, а стоит в ряду таких же «птичьих» фамилий, как Гусев, Соколов, Воробьёв, но с более узкой диалектной окраской.