Фамилия Баклушины образована от прозвища Баклуша. В основе лежит слово «баклуша» — обрубок древесины (обычно осины или берёзы), который обрабатывали для выделки ложек, чашек и другой деревянной утвари. Скорее всего, родоначальник Баклушиных был мастером-древоделом или подмастерьем, занятым на начальных этапах изготовления таких предметов.

С этим ремеслом связан и известный фразеологизм «бить баклуши». Его первоначальный смысл — делать несложную работу: раскалывать чурбан на заготовки и грубо их обтёсывать. Эту часть поручали подмастерьям или даже детям. Позже выражение переосмыслили, и оно стало означать безделье. Хотя есть и другая версия: в некоторых говорах баклушами называли недавно замерзшие лужи. Дети разбивали их сапогами — занятие, которое иначе как праздным не назовёшь. Какая из версий точнее, сказать трудно, но обе увязывают прозвище либо с конкретным делом, либо с характером его носителя.

Фамилия оформлена по типичной русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — сын Баклуши. Это одна из самых распространённых форм в северных и центральных областях России. Точное место и время возникновения фамилии Баклушины установить сложно — фамилии на Руси складывались веками, и письменные источники по такой «простой» фамилии не всегда сохранились. Однако её ясная внутренняя форма и связь с живым народным словом делают её выразительным памятником русской речи и быта.