Фамилия Баклины, как и большинство русских фамилий на -ин, образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а или -я. В основе здесь лежит прозвище Бакла или Бакля. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где суффикс -ин указывал на принадлежность: «чей?» — сын Баклы.

Откуда взялось само прозвище — вопрос, на который есть несколько ответов. Первая версия ведёт к тюркскому слову «бакла» (baqla) — «фасоль» или «бобы». В славянской среде такое прозвище могли дать человеку маленького роста или хрупкого телосложения — по аналогии с мелким зерном. У южных славян фасоль была ритуальной пищей, а в народной медицине бобовые использовали как лечебное средство. Не исключено и «профессиональное» значение: предок мог выращивать или продавать бобы и фасоль.

Вторая версия — местная, уральская. В реках Белой, Уфе и их притоках водится мелкая рыбка, которую называют бакля. Если прозвище пошло от неё, то основатель рода Баклиных мог быть рыбаком. Такое прозвище, скорее всего, закрепилось за человеком, который промышлял ловлей этой рыбы или чем-то напоминал её — например, был юрким и подвижным.

Фамилия Баклин — не единственная в этом гнезде. Встречаются однокоренные Бакланов, Баклашин, Баклагин, но у каждой своя основа: Баклан — крупная птица, Баклага — сосуд для жидкости. Баклин стоит особняком именно из-за «мелкого» корня — бобового или рыбьего.

Сословно фамилия Баклины не привязана к дворянству или духовенству: скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, распространённая на Урале и в Поволжье. Точное место и время её возникновения можно установить только через генеалогическое исследование конкретной ветви рода.