Фамилия Баклин — это типичный пример «прозвищной» фамилии, образованной от личного прозвища Бакла или Бакля с помощью русского патронимического суффикса -ин (отвечает на вопрос «чей?»: сын Бакли → Баклин). То есть в основе лежит не имя, а характеристика, данная предку.

Самая вероятная версия связывает прозвище Бакла с тюркским или крымско-татарским словом «бакла» (baqla) — «фасоль», «бобы». В крестьянской среде такое прозвище могло быть двойным. С одной стороны, чисто бытовым: его давали человеку невысокого роста и хрупкого телосложения — «маленький, как фасолина». С другой — ритуальным: у южных славян и в некоторых русских губерниях бобы и фасоль считались ритуальной пищей, их использовали в календарных обрядах и народной медицине, поэтому прозвище могло отражать и род занятий — предок мог выращивать бобовые или торговать ими на рынке.

Менее распространённая, но тоже имеющая право на жизнь версия — от слова «бакля». В говорах Приуралья так называли мелкую рыбёшку, которая водится в реках Белой, Уфе и их притоках. Если принять эту версию, прозвище Бакля указывало бы на рыбака или на человека, который промышлял ловлей этой рыбы. В пользу этой гипотезы говорит и география: фамилия Баклин встречается в уральских и приуральских регионах чаще, чем в других областях России.

Обе версии не противоречат друг другу: тюркское заимствование и местное диалектное слово могли существовать параллельно, и прозвище могло возникнуть независимо в разных семьях. Фамилия Баклин, таким образом, могла появиться у разных предков по разным причинам, и обе истории имеют под собой реальную почву.