Фамилия Баклюк образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -ук, который в украинской, белорусской и южнорусской традиции указывал на потомка или человека, связанного с тем, что названо в основе: Баклюк — «сын или человек Баклы». Сама основа — прозвище Бакла.

Значение этого прозвища неоднозначно. Наиболее вероятный источник — тюркское или крымскотатарское слово «бакла» (baqla), то есть «фасоль» или «бобы». Такое прозвище в быту давали по сходству с маленьким бобовым зёрнышком — либо крошечному новорождённому, либо взрослому человеку невысокого роста и хрупкого телосложения. У южных славян фасоль была ритуальной пищей, а в народной медицине бобы и фасоль широко применяли как лечебное средство. Поэтому не исключено, что Баклой могли прозвать знахаря или лекаря, который готовил снадобья из бобовых.

Есть и другая версия, связанная с местной природой. В реках Белой, Уфе и их притоках водится мелкая рыбка, которую в народе называют «бакля». Если прозвище пошло от этого слова, то первый Бакла мог быть рыбаком, который ловил эту рыбу или чем-то напоминал её — например, был юрким или мелковатым.

Прозвище Бакла со временем закрепилось за потомком как наследственное имя, а суффикс -ук оформил его в фамилию. Фамилия Баклюк встречается в украинских и южнорусских областях, что подтверждает её происхождение именно от прозвища, а не от крестильного имени. В официальных документах XIX века такое окончание часто указывало на запорожские или слобожанские корни рода.