Фамилия Баклюкова — это отчество второго порядка: Баклюков буквально значит «сын Баклюка, внук Бакли». Такая цепочка указывает, что в основе лежит прозвище Бакла или Бакля, и уже от него через пару поколений образовалась современная фамилия.

Самое вероятное объяснение прозвища — тюркское слово «бакла» (baqla), то есть «фасоль», «бобы». В крымско-татарском и других тюркских наречиях это слово звучит почти так же. Прозвище могли дать либо крошечному новорожденному, либо взрослому человеку невысокого роста и хрупкого телосложения — по аналогии с мелким зерном. Но есть и бытовая версия: бобы и фасоль у южных славян были ритуальной пищей, их зерна использовали в народной медицине, так что Баклой могли прозвать торговца или огородника, который выращивал и продавал эти культуры.

Менее распространённая, но тоже возможная версия отсылает к слову «бакля» — так называют мелкую рыбку, которая водится в реках Белой, Уфе и их притоках. Если принять эту версию, основатель рода мог быть рыбаком. Однако связь с тюркским «бакла» выглядит убедительнее: фамилия распространена в Поволжье и на Урале, где тюркское влияние на местные говоры и прозвища было особенно сильным.

Суффикс -ов в окончании Баклюков — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «чей?» — Баклюков. А вот редкий переходный элемент -юк- между корнем и суффиксом как раз и фиксирует ту самую промежуточную ступень: от Бакли к Баклюку, а затем к Баклюкову. Такая словообразовательная цепочка встречается нечасто и делает фамилию более узнаваемой среди однокоренных — вроде Бакланов, Баклашкиных или Баклушиных.