Фамилия Баклюков — отчество второго порядка: она указывает на то, что её носитель — сын Баклюка, внук человека по прозвищу Бакла (или Бакля). Такая модель образования (прозвище → отчество на -ук/-юк → фамилия на -ов) характерна для украинского и южнорусского влияния, что сразу выделяет Баклюковых среди более типичных для центральной России фамилий на -ов.

Само прозвище Бакла, скорее всего, восходит к тюркскому «бакла» — «фасоль», «бобы». В народной среде такое имя могли дать по двум причинам. Первая — внешность: крошечного младенца или взрослого человека низкого роста и хрупкого телосложения сравнивали с маленьким бобом. Вторая — род занятий: предок мог выращивать бобы или фасоль, продавать их на рынке. В пользу бытового, а не случайного прозвища говорит и то, что бобовые были не просто едой, а ритуальной пищей в календарной обрядности южных славян, а их зерна использовали в народной медицине — то есть дело было привычное и заметное в хозяйстве.

Есть и другая, менее известная версия: прозвище могли дать от слова «бакля» — так называют мелкую рыбку, которая водится в реках Белой, Уфе и их притоках. Если это так, то основатель рода был рыбаком, и прозвище цеплялось по тому же принципу — по маленькому размеру или по промыслу. Вторая гипотеза слабее: слово «бакля» узко регионально, в то время как тюркское «бакла» встречается в ономастике чаще и объясняет прозвище без натяжек.

Как бы то ни было, потомок человека с прозвищем Бакла или Бакля со временем стал Баклюковым — и фамилия закрепилась, сохранив в себе и память о внешности, и, возможно, о ремесле предка.