Фамилия Баклыкова — женская форма фамилии Баклыков, в основе которой лежит прозвище Баклык. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «бакла» — так в бассейне рек Белой и Уфы называют мелкую речную рыбку. В таком случае прозвище Баклык могли дать либо рыбаку, либо человеку, чем-то напоминавшему эту рыбку — например, невысокому и юркому. Словообразовательная модель проста: к основе на -а (бакл-) добавили суффикс -ык, характерный для прозвищ, а затем уже от Баклыка образовали фамилию через стандартный русский суффикс -ов.

Менее распространённая версия отсылает к украинскому значению слова «бакла» — фасоль. Если следовать этой гипотезе, прозвище могло закрепиться за любителем фасолевых блюд или за огородником. Однако эта версия слабее: фамилия Баклыковы встречается в основном в русских, а не украинских регионах, и география слова «бакла» в значении «рыбка» совпадает с ареалом бытования фамилии.

Фамилия фиксируется в документах XVII века, в частности в переписных книгах Уфимского уезда. Это косвенно подтверждает «рыбную» версию: реки Белая и Уфа протекают именно в тех местах. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в среде служилых людей или крестьянства — типичная патронимическая модель для центральной России и Поволжья.

Среди однокоренных фамилий — Баклаков, Бакланов, Баклашкин. Баклыков стоит особняком из-за редкого суффикса -ык, который в прозвищах встречается реже, чем -ак или -ан. Это делает фамилию более локальной и конкретной по происхождению.