Фамилия Баклыгин — редкий случай, когда основа настолько неочевидна, что заставляет заглянуть в диалектные словари и старые переписные книги. На первый взгляд, в ней слышится что-то тюркское или кавказское, но при ближайшем рассмотрении корень оказывается чисто русским, хотя и почти забытым.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Баклыгин). Значит, в основе лежало прозвище Баклыга. Что оно означало? Здесь есть две основные версии, и обе ведут в крестьянский быт. Первая: в северных и вологодских говорах «баклыга» — это колотушка, деревянный молоток, которым трамбовали землю, забивали колья или отбивали льняное семя. Прозвище могли дать плотнику, строителю или просто сильному, «увесистому» человеку. Вторая версия: «баклыга» — разговорное название толстого, неповоротливого человека (от глагола «баклушить» — бить баклуши, то есть бездельничать, но в исходном значении — раскалывать чурбаны на заготовки). В этом случае прозвище носило ироничный характер, но не обязательно было оскорбительным — скорее бытовым.

Менее вероятна, но допустима гипотеза о заимствовании из тюркских языков, где «баклык» означает «мешок» или «кошель». Однако для фамилии, распространённой в центральных и северных губерниях России, тюркский корень — скорее исключение, чем правило. География фамилии Баклыгин — это преимущественно Вологодская, Архангельская и Кировская области, а также Поволжье. Это области, где плотницкое дело и обработка дерева были основным занятием, что поддерживает версию о «колотушке».

Родственные фамилии — Баклушин, Бакланов, Баклыков — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Баклыгин стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффикса -ыгин, который характерен для севернорусской ономастики (сравните: Жилыгин, Косыгин). Таким образом, Баклыгин — не «фамилия-загадка», а меткое прозвище, закреплённое за родом мастеровых людей, чьё ремесло было связано с тяжёлым плотницким инструментом.