Фамилия Бакосова — редкий случай, когда основа прозвища не лежит на поверхности. В отличие от понятных ремесленных или «птичьих» фамилий, здесь приходится разбираться с корнем «бакос», который в русских говорах не был распространённым словом. Самая вероятная версия связывает фамилию с греческим заимствованием «бакос» (βάκος) — так в южнорусских и украинских диалектах называли баранку, сухой хлебец или крендель. Прозвище Бакос мог получить либо пекарь, торговавший такой выпечкой, либо человек с характерной внешностью — например, круглолицый или сутулый, напоминавший формой тот самый крендель.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от мужского прозвища: Бакос → сын Бакоса → Бакосов. Женская форма Бакосова закрепилась как фамилия через замужество или наследование от отца. Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — регионам, где греческое влияние через торговлю и переселенцев было особенно заметным. В центральных и северных губерниях этот корень почти не встречается, что делает Бакосовых локальной, «южной» фамилией.

Существует и менее очевидная версия: от тюркского «бак» (смотри, наблюдай) с добавлением аффикса -ос, но она слаба, так как для тюркских прозвищ в русской среде характерны другие суффиксы. Также не стоит путать Бакосова с фамилией Бакасов — та образована от «бакас» (болотистая низина) и имеет совсем другую географию. В словарях русских фамилий Бакосов не фигурирует как массовая, что подтверждает её редкий, почти единичный характер: скорее всего, родоначальник был одним из немногих носителей греческого по происхождению прозвища, которое закрепилось за его потомками.