Фамилия Баковкины — редкий случай, когда прозвище и занятие предка слились воедино. В основе фамилии лежит прозвище Баковка. В костромских говорах так называли разбор рогож, но есть и другая, более развёрнутая версия, связанная с лесным промыслом.

На рубеже XIX–XX веков крестьяне из села Баковка (ныне Одинцовский район Московской области) валили лес вдоль притока реки Сетунь. Нестроевой лес свозили к местам распиловки и заготовки лыка для рогожи. Такую обработку древесины называли баковкой, а пустоши вдоль речки, где её выполняли, лесорубы нумеровали: баковка первая, баковка вторая. По основному занятию местных жителей и селение получило название, а за человеком закрепилось прозвище Баковка.

Менее вероятно, что прозвище дали выходцу из самого села Баковка. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Баковкин — потомок Баковки. Фамилия закрепилась, когда прозвище стало наследственным. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, но ясно одно: Баковкины — это люди, чьи предки занимались заготовкой лыка и рогожным промыслом.