Фамилия Баковкин происходит от прозвища Баковка. В костромских говорах так называли разбор рогож. Следовательно, прозвище Баковка могло закрепиться за человеком, который этим занимался. Менее вероятно, что это прозвище получил выходец из села Баковка, которое ныне находится в Одинцовском районе Московской области. На рубеже XIX—XX веков крестьяне из этой местности стали валить лес вдоль небольшой лесной речной системы — притока реки Сетунь, тянущейся к югу от их поселения и питающую пруды имений Думновых и Самариных. Нестроевой лес, который в основном и рос вдоль русла реки, свозили к местам распиловки и заготовки лыка для рогожи. Такого рода обработку древесины тогда называлась баковкой, а пустоши вдоль речки, где осуществляли баковку, лесорубы называли баковками по номерам (баковка первая, баковка вторая и т.д.). Соответственно, селение получило свое название по основному занятию местных жителей. Так и прозвище Баковка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Баковкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Баковка, со временем получил фамилию Баковкин.