Фамилия Баковкин образована от прозвища Баковка. В костромских говорах так называли разбор рогож — грубой хозяйственной ткани из лыка. Значит, прозвище могло закрепиться за человеком, который этим ремеслом занимался. Однако это не единственная и, возможно, не самая точная версия.

Более убедительная гипотеза связывает прозвище с конкретным промыслом. На рубеже XIX—XX веков крестьяне из местности, где сейчас находится село Баковка в Одинцовском районе Московской области, валили нестроевой лес вдоль притока реки Сетунь. Древесину свозили к местам распиловки и заготовки лыка для рогожи. Такую обработку называли баковкой, а пустоши вдоль речки лесорубы именовали по номерам: баковка первая, баковка вторая. Само селение получило название по основному занятию жителей. Вероятно, и прозвище Баковка дали человеку, который либо жил на такой пустоши, либо работал на баковке — занимался заготовкой лыка.

Суффикс -ин в фамилии Баковкин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Баковки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а/-я. Менее вероятно, что прозвище получил просто выходец из села Баковка: тогда фамилия скорее звучала бы как Баковский. Таким образом, предок носителей фамилии Баковкин с большой долей вероятности был связан с лесным промыслом и изготовлением рогожи.