Фамилия Баксараева образована от мужской формы Баксараев и несет в себе очевидный тюркский след. Её основа — слово «баксар» или близкое к нему «баксы» (варианты: бакша, бакши). В тюркских языках это означало «писарь», «писец», «учитель», а у некоторых народов — «колдун» или «шаман». Слово восходит к китайскому «боши» — «учёный муж», что указывает на древние культурные связи по Шёлковому пути.

Суффикс -ев (после твёрдого согласного) — типичный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Баксарая». Сама же модель фамилии — нечастая. Обычно тюркские прозвища на -а, -я русифицировались через -ин (Баксин), но здесь мы видим -ев, что говорит о более позднем оформлении фамилии или о том, что исходное прозвище звучало как Баксар (без конечного «ай»). В любом случае, фамилия — не от имени Баксарай, а от прозвища Баксар (или Баксарай) со значением «писарь» или «грамотей».

Версия о том, что предок был колдуном или знахарем (баксы), менее вероятна для фамилии, закрепившейся в русской среде. Скорее всего, прозвище дали человеку грамотному — редкому умению в крестьянской среде. Писарь на селе или приказчик в торговых делах — вот наиболее вероятное занятие первого носителя фамилии.

Регионально фамилия Баксараева тяготеет к Поволжью и Приуралью — зонам активных контактов русского населения с татарами, башкирами и чувашами. В этих краях тюркские прозвища легко входили в русский быт и закреплялись в фамилиях при переписях. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — от одного корня в конкретной волости или деревне.