Фамилия Баксарова — женская форма мужской фамилии Баксаров, и её происхождение связано с прозвищем или именем, которое носил основатель рода. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев типичны для центральных и северных областей России, но Баксаров стоит особняком: его корень «баксар» не имеет очевидной славянской этимологии.

Вероятнее всего, основа фамилии восходит к тюркскому слову «баксар» или «баксары», что в ряде диалектов означало «смотритель», «надзиратель» или «хранитель». В Поволжье и Приуралье, где исторически было сильное татарское и башкирское влияние, такое прозвище могло закрепиться за человеком, который следил за порядком, скотом или имуществом. Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным русским «бакса» (так в некоторых говорах называли баклажку, кувшин или глиняную посуду), тогда Баксаровым могли прозвать гончара или торговца утварью.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Баксаров буквально значит «сын (или потомок) Баксара». Первоначально это было отчество, которое затем закрепилось как фамилия. В документах XVII–XVIII веков фамилия встречается в основном среди служилых людей и крестьян юго-восточных уездов России, особенно в Симбирской и Казанской губерниях. Это подтверждает тюркскую версию: регион был зоной активного межэтнического контакта.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к распространённой фамилии Бакланов (от птицы) или Баскаков (от сборщика дани), хотя внешне они похожи. Баксаров — более редкий и локальный вариант, не получивший широкого распространения за пределами Волго-Уральского региона. В современной России носители фамилии встречаются рассеянно, но наибольшая концентрация сохраняется в Татарстане и соседних областях.