Фамилия Бакшишева — женская форма фамилии Бакшишев, и разбирать её стоит через мужской вариант, потому что именно он хранит корень и историю образования. Основа здесь — тюркское слово «бакшиш», которое в переводе означает «подарок», «подаяние», «вознаграждение» или «чаевые». Слово широко известно в Османской империи и на всём Ближнем Востоке, но в русские говоры и фамилии попало не напрямую, а через посредничество народов Поволжья и Кавказа — татар, башкир, кумыков или азербайджанцев.

Модель образования типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе «Бакшиш» добавили суффикс притяжательности -ев. Фонетически закономерно: после шипящего «ш» пишется «е», а не «о». Суффикс указывает на принадлежность: Бакшишев — буквально «сын (или потомок) того, кого звали Бакшиш». В дофамильную эпоху прозвище Бакшиш могли дать человеку щедрому, который часто одаривал других, или, наоборот, тому, кто постоянно ждал подачек и жил за чужой счёт. Реже — как ироничное прозвище сборщика дани или человека, получившего что-то в дар при необычных обстоятельствах.

Географически фамилия Бакшишев (и Бакшишева) встречается в основном в регионах с тюркским населением и зонах смешанного русского и татарского быта: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также среди астраханских и крымских татар. Встречается и у народов Кавказа, но там чаще сохраняется исходная форма без русификации — просто Бакшишов или Бакшиш.

В отличие от многих фамилий на -ов, которые образованы от крестильных имён, Бакшишев — чисто прозвищная фамилия, напрямую связанная с бытовой или социальной характеристикой человека. Никакой связи с христианскими святыми или церковным календарём здесь нет, что указывает на более позднее, послемонгольское или даже послеордынское время возникновения, когда тюркские прозвища уже активно переходили в русские фамилии у служилых татар и крещёных инородцев.

Сословно предки Бакшишевых могли быть кем угодно: от крестьян и ремесленников до мелких торговцев или служилых людей. Фамилия не несёт однозначного указания на дворянство или духовенство, хотя отдельные ветви могли попасть и в те слои. Спорных версий у этой фамилии практически нет: корень прозрачен, а альтернативные толкования (например, от арабского «бахш» — «доля, часть») лингвистически слабее и не объясняют суффикс.