Фамилия Бакшишев образована от прозвища или личного имени Бакшиш. Слово «бакшиш» пришло в русский язык из персидско-тюркских языков и означает гостинец, подношение, а в просторечии — взятку или «на чай». В русском языке у этого слова сложилась двойственная репутация: от безобидного подарка до мздоимства. Поэтому прозвище Бакшиш мог получить либо щедрый человек, либо, наоборот, тот, кто брал взятки.

Однако более вероятно, что фамилия восходит не к прозвищу, а к личному мужскому имени Бакшиш, которое у тюркских народов означало «подарок». Такие имена-пожелания были распространены: называя сына Бакшиш, родители желали ему быть ценным, желанным, как дар судьбы. Фамилия закрепилась в форме Бакшишев с помощью русского патронимического суффикса -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий (в данном случае к основе Бакшиш).

Словообразовательная модель типична для русских фамилий тюркского происхождения: личное имя или прозвище на -ш (сравните: Агаш — Агашев, Калмыш — Калмышев) получало суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «сын Бакшиша». Таким образом, первый носитель фамилии — потомок человека по имени Бакшиш.

География фамилии связана с регионами, где исторически были сильны тюркские влияния: Поволжье, Урал, юг России. Встречаются и другие однокоренные варианты — Бакшишев, Бакшишов, Бакшишян (у армян), что подтверждает широкое бытование имени в разных культурах.