Фамилия Бакшиева — женская форма, а её мужской вариант Бакшиев. В основе лежит тюркское слово «бакши» (или «бахши»), которое в разные эпохи и у разных народов означало не одно и то же. Самая частая версия — от названия писца или учителя: в Золотой Орде и позднее в Крымском, Казанском ханствах бакши́ (бахши́) — это переписчик документов, секретарь, а иногда и школьный наставник. В казахском и киргизском языках слово сместило значение: «бакши» — народный целитель, знахарь, шаман. У туркмен «бахши» — сказитель-певец, хранитель эпоса.

Фамилия образована по русской модели: к основе «Бакши» добавили суффикс принадлежности -ев. Это указывает, что предок носителя фамилии носил прозвище или титул Бакши. Суффикс -ев, а не -ов, объясняется мягкостью конечного согласного основы. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде, где русская администрация или церковь фиксировали тюркские имена и прозвища — в Поволжье, Приуралье, Сибири, на Северном Кавказе.

Встречается фамилия преимущественно у татар, башкир, казахов, а также у народов Дагестана (кумыков, ногайцев). В русских документах XVII–XVIII веков упоминаются служилые татары и «бакши» — переводчики восточных языков при посольском приказе. Возможно, некоторые Бакшиевы ведут род от таких толмачей или от сельских писарей в татарских и башкирских деревнях.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с монгольским «багши» (учитель, лама). В бурятской и калмыцкой среде это слово тоже бытовало, но фамилия Бакшиев там встречается реже, чем в тюркоязычных регионах.

Географически фамилия чаще всего фиксируется в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области и в Астраханской области. Встречаются варианты написания Бакшиев и Бахшиев — разница в передаче звука «х» на письме, но корень тот же.