Фамилия Балахтырь — редкий случай, когда основа слова не вызывает споров, а её происхождение прозрачно, хотя и неочевидно для современного уха. В её основе лежит древнерусское слово «балахтать» — болтать, качать, колебать. В разных говорах у этого глагола был и более конкретный смысл: «балахтырь» называли человека неуклюжего, медлительного или того, кто ходит вразвалку, «балахтается» при ходьбе. Таким образом, фамилия образована от прозвища, данного по характерной походке или манере поведения.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия не имеет патронимического суффикса (-ов, -ев, -ин), а представляет собой застывшее прозвище в чистом виде. Такие «неоформленные» фамилии (как Сорока, Шуба, Кривошея) в русской традиции встречаются реже, чем суффиксальные, и чаще фиксировались на юге России, в Белоруссии и на Украине, а также в среде казачества. В северных и центральных областях прозвище скорее получило бы окончание -ов или -ин (Балахтырев), но форма Балахтырь сохранила исходный облик.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Встречается она в документах XVII–XVIII веков, преимущественно среди крестьян и однодворцев. Однодворцы — особое сословие, сочетавшее черты крестьян и мелких служилых людей, и у них часто сохранялись прозвищные фамилии без суффиксов. Так что предок-Балахтырь, скорее всего, был неспешным, грузным человеком, которого в деревне окрестили за его манеру ходить, и прозвище закрепилось за потомками без изменений.

Любопытно, что слово «балахтырь» имеет параллели в других славянских языках. В польском есть bałachtać — «болтать, взбалтывать», а в украинских говорах «балахтати» означает не только качать, но и говорить вздор. Поэтому нельзя полностью исключать, что прозвище могло относиться к пустослову или болтуну. Но учитывая, что в русских диалектах на первый план выходит именно значение «неуклюжий, переваливающийся», версия с походкой выглядит более правдоподобной для большинства носителей фамилии.