Фамилия Балаклейская — редкий случай, когда географическая основа очевидна, а суффикс указывает на принадлежность к месту, а не на происхождение от прозвища. Это типичная «топонимическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта, но с женским окончанием, которое закрепилось за носительницей.

Корень здесь — «Балаклея». Это название нескольких городов и сёл в Украине и на юге России. Самое известное — город Балаклея в Харьковской области, а также село Балаклея в Черкасской области. Топоним, скорее всего, тюркского происхождения: от слов «балык» (рыба) и «лы» (суффикс обладания) — «рыбное место». Версия связывает название с рекой, где водилось много рыбы.

Суффикс «-ск-» в фамилиях такого типа указывает на связь с географическим объектом: Балаклейский — тот, кто родом из Балаклеи или владел там землёй. Окончание «-ая» (Балаклейская) — это форма женского рода, которая закрепилась за женщиной, но в русской традиции часто становилась неизменяемой фамилией для всей семьи. В XIX веке такие фамилии обычно носили дворяне, получившие их по названию своего поместья, или священники, бравшие фамилии по месту службы. Однако Балаклейская могла возникнуть и в крестьянской среде: переселенца из Балаклеи могли записать как «Балаклейский», а его жену или дочь — «Балаклейская».

Словообразовательная модель проста: топоним (Балаклея) + суффикс принадлежности (-ск-) + родовое окончание (-ая). Это делает фамилию прозрачной для этимолога, но не даёт однозначного ответа о социальном статусе первого носителя. В отличие от фамилий на «-ов» или «-ин», которые часто указывают на патроним (чей сын), Балаклейская говорит именно о месте, откуда человек родом.

В современной России фамилия встречается нечасто, сосредоточена в основном в южных регионах (Краснодарский край, Ростовская область) и в Москве — там, куда в разное время мигрировали жители украинских земель. Спорных версий у фамилии почти нет: тюркская основа топонима и славянский суффикс — сочетание типичное для южнорусских и украинских земель.