Фамилия Балаклей — один из тех случаев, когда географическое название перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою исходную форму. В основе лежит топоним Балаклея (или Балаклей — в старой орфографии). Это название нескольких населённых пунктов на Украине и юге России, самый известный из которых — город Балаклея в Харьковской области. Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, был выходцем из этого места или владел там землёй.

Слово «балаклей» само по себе — тюркского происхождения. В его основе лежит тюркское «балак» — «рыба» или «рыбное место», а суффикс -лы/-ли указывает на обилие чего-либо. Таким образом, Балаклея — это «богатое рыбой место». Фамилия, образованная от такого названия, напрямую связывает носителя с рыбным промыслом или географией Нижнего Дона и Слобожанщины, где такие названия встречаются часто.

Обратите внимание на суффиксальное оформление. Фамилия Балаклей — это «чистая» основа, без патронимических суффиксов -ов/-ев или -ин. Такая модель характерна для фамилий украинского и южнорусского происхождения, образованных от названий сёл и городов без дополнительных оформлений (сравните: Борзна, Ромны, Сумы). В русской традиции чаще встречается вариант Балаклеев — с суффиксом -ев, указывающим на принадлежность («сын человека из Балаклеи»). Форма Балаклей — более редкая и архаичная, она могла закрепиться за переселенцами, которые называли себя по месту выхода, а не по отцу.

Встречается и версия, что фамилия могла произойти от прозвища Балаклей — говорливого, болтливого человека. Но она менее убедительна: слово «балакать» (говорить) даёт фамилии Балакин, Балакаев, Балакшин, а не Балаклей. Тюркская основа и географическая привязка здесь перевешивают.

Сословно фамилия не была закреплена за дворянством — это типичная фамилия казацкой старшины, мещан или крестьян, переселившихся с южных территорий. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии Балаклей встречаются в Харьковской, Полтавской и Екатеринославской губерниях, что подтверждает её локальный, слобожанский характер.