Фамилия Балакян — почти наверняка армянская. Её выдают суффикс «-ян», который в армянской ономастике выполняет ту же роль, что русские «-ов» и «-ин»: указывает на принадлежность, происхождение или родство. Дословно Балакян — «из рода Балака», «сын Балака».

Основа «Балак» в армянском языке имеет несколько возможных корней. Самая прямая версия — от слова «балак» (բալաք), что означает «чуб», «хохол» или «вихор». В таком случае прозвище Балак давали человеку с заметной, торчащей прядью волос, возможно, кудрявой или непослушной. Это не редкость для прозвищного происхождения фамилий: внешняя примета легко закреплялась за родом. Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с диалектным «бала» (ребёнок, дитя) или с тюркским «балак» (штанина, часть одежды), но первая гипотеза выглядит убедительнее благодаря прямому соответствию в армянском языке.

Географически фамилия Балакян тяготеет к исторической Западной Армении и регионам с компактным проживанием армян — это территории современной Турции (особенно район Вана и Муша), а также Сирия и Ливан, куда уходили беженцы после геноцида 1915 года. В России и странах бывшего СССР фамилия встречается, но заметно реже, чем типичные «-овы» или «-яны» из Восточной Армении. Это указывает на то, что большинство носителей — потомки выходцев из Османской империи.

С точки зрения социального контекста, фамилия Балакян не несёт следов аристократического происхождения. Как и подавляющее большинство армянских фамилий на «-ян», она сформировалась в среде крестьян и ремесленников, часто — по прозвищу главы семьи. Никаких данных о дворянском или княжеском роде Балакян в исторических источниках нет. Это фамилия, которая говорит о предке скорее внешне, чем по роду занятий: не кузнец, не мельник, а просто человек с заметной шевелюрой.

Встречаются варианты написания с одной «к» — Балаян, но это уже другая фамилия, образованная от имени Бала (уменьшительное от армянских имён вроде Баласан). Балакян же сохраняет корневое «к», что и отличает её от более распространённой Балаян.