Фамилия Балацун звучит на южнорусский и украинский лад. Её основа — прозвище Балац, а суффикс -ун указывает на активного деятеля, человека, склонного к определённому действию. В украинском и южнорусских говорах «балац» или «балацнути» означает ударить, хлопнуть, шлёпнуть, часто с оттенком резкости. Соответственно, Балацун — это тот, кто «балацает», то есть задира, драчун или просто человек с резкими, порывистыми движениями. Такие прозвища по поведению были распространены в среде простых крестьян и ремесленников: они не столько оскорбляли, сколько метко описывали натуру человека.

Словообразовательная модель проста: корень балац- плюс суффикс -ун (как в словах «крикун», «ворчун», «скакун»). Суффикс -ун в фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и характерен для украинской и белорусской традиции, хотя встречается и в южнорусских фамилиях (например, Болтун, Шептун). Фамилия Балацун могла закрепиться в форме отчества, но не по стандартной модели «чей сын?», а как застывшее прозвище, которое так и передавалось без изменений — Балацун стал фамилией напрямую.

Географически фамилия привязана к территории исторической Слобожанщины, Причерноморья и юга России. Встречается в Краснодарском крае, Ростовской области, на Кубани и в центральной Украине. Это зона активного смешения украинского и русского населения, где прозвища на -ун легко переходили в фамилии и не менялись при русификации.

Вторая, менее вероятная версия связывает корень с тюркским «бала» — ребёнок, детёныш. В таком случае Балацун могло быть искажённым «бала-чун» — «сынок» или «малыш», но эта гипотеза слабая: фамилия не имеет тюркских следов в суффиксе и бытует исключительно в славянской среде. Правдоподобнее держаться версии с глаголом «балацать» — она проще и подтверждается живыми говорами.