Фамилия Балаухина — женская форма фамилии Балаухин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Балауха, которое, скорее всего, связано с глаголом «балаухать» или «балакать» — говорить, болтать, пустословить. В русских говорах «балауха» — это болтун, пустомеля, человек, который говорит много и не по делу. Такие прозвища были распространены в Древней Руси: они давались по заметной черте характера, часто с оттенком иронии или добродушного порицания.

Модель образования типична для русского Севера и северо-востока: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Балаухин сын, Балаухина дочь). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на юге и в центре, -ин характерен для Новгородской, Вологодской, Архангельской, Вятской земель. Это даёт региональную привязку: носители фамилии, вероятнее всего, происходят из северных или северо-восточных областей России.

Существует и другая, менее вероятная версия: основа могла быть заимствована из тюркских языков. Например, «бала» (ребёнок, детёныш) плюс тюркский аффикс -уха. Но она слабая: слово «балауха» в значении «дитя» не зафиксировано в русской ономастике, а прозвищный пласт «говорливых» имён в русском языке гораздо обширнее и органичнее.

Фамилия не является дворянской или княжеской — это типичное крестьянское или посадское прозвание, которое фиксировалось в переписных книгах с XVII–XVIII веков. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Бала́ухина, хотя в некоторых говорах могло смещаться. Встречается она редко, и её носители — потомки тех самых говорливых, общительных людей, чья речевая манера когда-то стала их семейным знаком.