Фамилия Балбатун — редкая и нестандартная по своему окончанию. Если подавляющее большинство русских фамилий заканчиваются на -ов, -ев или -ин, то здесь мы видим типично украинский или южнорусский суффикс -ун, который образует названия людей от глаголов и прилагательных. В украинском языке, а также в белорусском и польском, суффикс -ун (укр. -ун, пол. -un) часто указывает на деятеля: «брехун» (враль), «стрибун» (прыгун), «крикун». Соответственно, основа «балбат» — это, скорее всего, искажённое или диалектное слово, связанное с глаголом «болботать», «балботать».

В русских говорах «болботать» (или «балботать») означает бормотать, говорить невнятно, быстро или без умолку. В украинском языке есть слово «балбатати» — болтать, трепать языком. Таким образом, Балбатун — это прозвище человека, который много и неразборчиво говорит, «болтун» или «бормотун». Это типичная для восточнославянской ономастики модель: взять экспрессивное прозвище по манере речи и прикрепить к нему характерный суффикс.

Географически фамилия Балбатун почти наверняка родом из западных областей Украины (Волынь, Галичина) или из юго-западных регионов Беларуси. Именно там суффикс -ун особенно продуктивен, и там сохранились архаичные формы глаголов с корнем «балб-». В официальных документах Российской империи такую фамилию могли «обрусить», заменив окончание на -ов (Балбатунов), но исходная форма Балбатун сохранилась у тех, кто не попал под массовую унификацию фамилий в XIX веке.

Интересная деталь: в польском языке есть слово «bełkotać» (бормотать), а также «bełkot» (бессмыслица). Фамилия Балбатун могла возникнуть на пограничье украинских и польских говоров, где «б» и «л» могли меняться местами. Встречаются также варианты Болбатун и Белбатун — это всё фонетические версии одного прозвища. Носитель такой фамилии, скорее всего, был простым крестьянином или ремесленником, которого в общине прозвали за характерную манеру говорить — без умолку или невнятно. Дворянских корней у этой фамилии нет, она целиком народная, прозвищная.