Фамилия Балдарина — женская форма, мужская будет Балдарин. В основе лежит прозвище или мирское имя Балдара, а оно, скорее всего, восходит к слову «балда». Тут и кроется главная сложность: в русских говорах у этого слова несколько значений, и не все они обидные.

Самое известное значение «балды» — глупый, бестолковый человек, но в народной речи так могли назвать и большую шишку, важного человека (от тюркского «балда» — топор, секира, а переносно — тяжелый, увесистый кулак). В вятских и пермских говорах «балдой» называли лесную чащу или корягу, а в некоторых местах — крупный кусок чего-либо. Прозвище Балдара мог получить либо человек с тяжелым нравом, либо, наоборот, нерасторопный, либо тот, кто жил у глухого леса.

Суффикс -ин в фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей сын?» — Балдарин, то есть сын Балдары. Такая модель типична для северных и центральных областей России. В отличие от фамилий на -ов, которые часто давали по отцу с окончанием на согласный, -ин закреплялся за основами на -а/-я. Поэтому географически фамилия Балдарин могла возникнуть в тех краях, где слово «балда» было в ходу, — на севере, Урале или в Поволжье.

Менее вероятный, но возможный вариант — происхождение от названия населенного пункта вроде Балдары или Балдарино. Такие топонимы встречаются, но редки. В любом случае, значение не следует сводить к одному «глупый»: прозвища часто давались «от противного» или по внешнему признаку, и предок носителя мог быть вовсе не простоватым, а, скажем, коренастым и сильным.