Фамилия Балдухаева — редкий пример, где сразу видна региональная и этническая окраска. Её основа — мужское имя или прозвище Балдухай, которое нехарактерно для центральной России, но встречается в среде тюркских и кавказских народов. Суффикс -аев (фонетический вариант -ев после гласной) указывает на происхождение от отчества: Балдухаев буквально значит «сын Балдухая». Женская форма Балдухаева — это фамилия по мужу или отцу, типичная для русской грамматики, но сама фамилия, скорее всего, имеет иноязычные корни.

Корень «балд-» в тюркских языках означает «топор» или «секира» (ср. балта). Имя Балдухай могло быть прозвищем воина, силача, дровосека или человека с тяжёлым, «рубящим» характером. Вторая часть «-ухай» — уменьшительно-ласкательный или прозвищный аффикс, распространённый в кавказских и тюркских ономастиконах (ср. осетинские имена с -ух, -хай). Таким образом, Балдухай — это «маленький топор» или «топорик», что могло быть домашним именем.

Есть и другая, менее правдоподобная версия: связь с русским диалектным глаголом «балдахать» (греметь, стучать) или словом «балда» (дубина, бестолковый человек). Но суффикс -аев для чисто русских фамилий нетипичен — он характерен для фамилий, возникших в среде татар, башкир, ногайцев или народов Дагестана. Поэтому тюркская версия с «топором» выглядит убедительнее.

Географически фамилия Балдухаева тяготеет к регионам Северного Кавказа и Поволжья, где смешивались русские и тюркские фамильные модели. Встречается она редко, и это объяснимо: имя Балдухай не вошло в массовый обиход, осталось локальным прозвищем. Носители фамилии, скорее всего, потомки людей, живших в среде, где сохранялись тюркские имена, но документы велись уже по-русски — отсюда и форма на -аев.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Балтаев, Балтухаев, Балдаев встречаются чаще, и все они восходят к тому же «топору». Балдухаева — более редкий вариант, сохранивший старую прозвищную основу.