Фамилия Балишян — яркий пример армянской модели образования фамилий, которая строится не на славянских суффиксах, а на притяжательном окончании -ян (в старой орфографии -янц). В русском языке она закрепилась именно в такой транслитерации, хотя в самой Армении допустимо и произношение «Балишян» с ударением на последний слог. Этот суффикс буквально означает «из рода» или «принадлежащий», поэтому фамилию стоит понимать как «потомок Балиша».

Корень «Балиш» — это, скорее всего, прозвище или личное имя, которое могло возникнуть из тюркского или армянского слова «балиш» (подушка). В переносном смысле так могли назвать мягкого, спокойного человека, а возможно, и мастера по изготовлению подушек или перин. Есть и другая версия: в ряде тюркских языков «балык» означает «рыба», но для армянской среды такое заимствование менее характерно, хотя полностью исключать его нельзя — контакты с тюркскими народами были плотными.

С точки зрения географии, фамилия Балишян типична для западных армян, которые после геноцида 1915 года расселились по всему миру. В России она встречается редко, чаще в Краснодарском крае, Ростовской области или Москве — там, где сложились крупные армянские общины. В самой Армении фамилия тоже есть, но не входит в число самых распространённых, что указывает на её локальное происхождение — возможно, от названия конкретного села или рода.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Балишян стоит в одном ряду с Балишовым (адаптация через русский суффикс -ов) и Балишяном (вариант с ударением на второй слог). Все они восходят к одной основе, но форма на -ян — самая армянская по духу, так как сохраняет исконную модель родства. Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к известным династиям у этой фамилии нет — это типичная фамилия ремесленников или крестьян, которую давали по прозвищу, а не по титулу.