Фамилия Балткова — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит не славянский корень, а балтийский, что сразу выделяет эту фамилию на фоне типичных русских окончаний на -ов. Женская форма Балткова указывает на мужскую основу Балтков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Балтко.

Самая вероятная версия — связь с этнонимом «балт». Балтами называют народы, говорящие на языках балтийской группы (литовцы, латыши, древние пруссы). Прозвище Балт мог получить человек, имевший отношение к балтийским землям: выходец из Литвы или Жемайтии, торговец, ходивший в те края, или просто человек со светлыми (белыми) волосами (от литовского baltas — «белый»). Уменьшительная форма Балтко (с характерным украинским или белорусским суффиксом -ко) и последующее прибавление русского суффикса -ов дали фамилию Балтков. Суффикс -к- здесь указывает на то, что прозвище было не одиночным, а ласкательным или уменьшительным: Балтко — это «маленький балт» или «сын Балта».

Менее вероятна, но возможна связь с топонимом Балтия, Балтийск. В таком случае фамилия могла закрепиться за человеком, который жил на побережье или вблизи Балтийского моря. Встречаются и другие фамилии-«родственники»: Балт, Балтин, Балтов, Балтус. Все они имеют одну географическую привязку — северо-запад России, Псковщина, Смоленщина, а также Беларусь и Литва. Именно в этих краях балтийское влияние на славянские прозвища было особенно сильным.

В дореволюционной России фамилия Балткова могла принадлежать как крестьянину или мещанину, так и мелкопоместному дворянину, если предок получил её по месту службы или жительства. Сегодня она встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что говорит о миграциях носителей в XX веке.